وُلد في الزقازيق في 21 بؤونه سنة 1581 ش بإسم ميخائيل , وكان والداه من شبلنجة , ولذلك سُمى ميخائيل الشبلنجي, وقد أدخله والداه مدرسة الفرير بالزقازيق , حيث أتقن كل من اللغة العربية واللغة الفرنسية , كما أعتني والداه بتلقينه المبادئ الدينية واللغة القبطية منذ حداثته . ولما بلغ سن الثامنة عشر رغب في إعتزال العالم وتكريس حياته للرب . فقصد دير الأنبا أنطونيوس بالبحر الأحمر , ولكن والداه سعيا لإعادته مرة أخري , وبعد فترة قصيرة ذهب للدير للمرة الثانية , مؤكداًَ إصراره علي إختيار السير في طريق الحياة النسكية . وقد تمت سيامته راهباً في 8 طوبة 1601ش ( 15يناير 1885م) , وبعد سبع سنين طلب الأنبا باسيليوس الكبير بعض الرهبان من دير الأنبا أنطونيوس ليقوموا بخدمة الكنيسة القبطية بالقدس , فأختير الراهب ميخائيل الأنطوني ضمن أربعة رهبان لهذا الأمر , وقد قام الأنبا باسيليوس برسامته قساً في يوم أحد الشعانين , قبيل سفره إلي القدس. وفي 12 بؤونه 1608ش ( 19 يونية 1892 م ) رقاه إلي رتبة القمصية وجعله سكرتيراً له .
ولما مرض الأنبا باسيليوس , طلب من قداسة البابا كيرليس الخامس , أن يقوم برسامة القمص ميخائيل الشبلنجي الأنطوني أسقفاً مساعداً له ، و قد تم ذلك فى يوم الأحد 18 مسري 1612 ش الموافق 23 أغسطس 1896 م , بإسم الأنبا تيموثاوس . وبعد نياحة الأنبا باسيليوس في 26 مارس 1899م ، رُقى الأنبا تيموثاوس إلى رتبة مطران للكرسى الأورشليمى فى يوم الأحد 12 بؤونه 1615 ش الموافق 18 يونية 1899 م . وكانت إبرشيته تشمل محافظات القنال والشرقية والدقهلية ومعظم مناطق الغربية.
وقد سار كسلفه في العمل علي الحفاظ علي التراث القبطي ومقدسات الكنيسة القبطية بالقدس , وتحمل في سبيل ذلك مضايقات عدة , كما عاني آلاماً مريرة في سبيل الدفاع عن ملكية الكنيسة القبطية لدير السلطان . وقد جدد كنيسة الأنبا أنطونيوس بالبطريركية وكنيسة مارجرجس بجوار باب يافا بالقدس . وشيد دير وكنيسة بأريحا , وفي إبرشيته بمصر بني العديد من الكنائس والمدارس , وأصلح دير الشهيدة دميانة بالبرارى.
وعندما أشتعلت الحرب العالمية الأولي ظل الأنبا تيموثاوس الأول , في مقر
إبرشيته بالقدس , يرعي شئون رعيته ويسهر علي الحفاظ علي مقدسات الكنيسة إلي أن نُفي ومعه القمص يوحنا الأنطوني البهجوري رئيس عام أديرة الأقباط بالقدس وقتئذ , كما نُفي أيضاً رؤساء الطوائف الأخري بناء علي أمر السلطان . وبقي في منفاه خمسة أعوام إلي أن سُمح له بالعودة في أواخر عام 1918م , حيث إحتفلت الكنيسة والشعب القبطي بعودته من المنفي سالماً . وقد ظل يدير شئون إبرشيته إلي أن إنتقل بسلام من هذا العالم الفاني في 9 يونيو 1925م.